孟珙第二个没有想到的是，他与蒙古联合灭金刚刚过去几个月，蒙宋就由盟友正式成为了对手。东京开封府、西京河南府和南京应天府本是北宋的地盘，被金国占领，如今金国灭亡了，宋理宗天真地认为应收归宋有，于是派宋军收复宋朝故土，史称“端平入洛”，哪里想到的是，蒙古军是比宋国和辽国更加凶恶的敌人。“抚定中原、坚守黄河、占据潼关、收复三京”是宋朝的国策，而铁骑扫平地球，统治世界是蒙古人的国策，成吉思汗可比任何一位大帝都想得多，想得远，想得大。在他看来，地球就是他们家的牧场。“三京”在蒙宋灭金后，宋廷认为是无主之地，宋朝故土，理应收之，而蒙古人认为普天之下，皆是蒙古人放牧的地方，于是蒙宋战争一触即发。初时宋朝取得了小小的胜利，但未想到那是蒙古人给布好的口袋，此战宋朝将帅为赵范、赵葵、全子才、杨义等人，监军为徐敏子，哪里是蒙古悍将塔察儿的对手。而尤为可惧的是，宋军并不是同仇敌忾，绝大部分边将皆反对对蒙用兵，只有皇帝与少数分大臣凭一腔热血意欲收复失去，你说这仗怎么打。
宋蒙关系因端平入洛之战同盟正式破裂，开始了蒙宋长达近半个世纪的战争。端平入洛之战，宋军大败，本来宋理宗豪情满怀，这一仗被蒙古人打得士气全无，他自己下的圣旨发动战争，战败后却处罚主战派官员，并有了主和的想法。国难思良将，时艰念铮臣，关键时刻他想到了曾灭了金国的孟珙，于是招孟珙进京问计。孟珙的回答掷地有声：“臣是一介武士，当言战，不当言和。”，宋理宗很高兴孟珙豪情不减，任命他知黄州，节制黄、蕲、光三州及信阳军的兵马，担负起保护大半个南宋的抗蒙任务。
孟珙用计，天下无双。在江陵之战中，他用疑兵之计，连破敌二十四座营寨，抢回被俘百姓两万多人，并将蒙军的渡江器具一并焚毁，而此战的对手，正是他的结义兄弟蒙古悍将塔察儿;黄州之战中，他连斩四十九名畏敌退缩的宋兵，组织敢死队与蒙军展开的拉锯战，抗住了蒙军大炮、挖洞等猛烈的进攻，而此次他的对手，是蒙古宗王口温不花和他曾救过的汉族蒙籍大将张柔，于是张柔这小子恩将仇报，杀起宋人来一点也不手软。双方各为其主，从公元1237年的十月战到了公元1238年的春天，蒙古人攻黄州不下，反被孟珙杀得十死七八，不得不狼狈地退出战场。
