王允大权在握后的第一件事就是杀蔡邕。蔡邕多才多艺，在当时名气很大，本质上却是典型书呆子一个。董卓身死，举国都拍手称快，唯独他跑去抚尸痛哭(裴松之注引《后汉书》说他只是在王允面前“有叹惜之音”，未抚尸痛哭)。许多人为蔡邕求情免死，都没有用。其实，天下正用人之际，王允竟不能容，以人划线，凡附卓者必诛，此乃大败笔也。
董卓原部李汜、张济、樊稠，见大势已去，上书告饶。此时的王司徒，本应审时度势，四人皆虎狼之辈，又拥有重兵，不说加以收编，至少也应采用安抚之策，稳住局面。然而王允却掷下狠话：“今虽大赦天下，独不赦此四人!”为渊驱鱼，为丛驱雀，大树特树对立面，导致四人率大军合围长安，十日城破，“诛允及妻子宗族十余人”，进而欲逼宫弑君，酿成“李郭之乱”。
仅有谋略机巧，没有政治家的胸襟，纵然机关算尽，只能成其一二事，断然成不了大业。陈寿作《三国志》，董卓、吕布有传，而王允无传，只是在别人的传记里出现，可见分量还是不足。
