1879年12月18日，出生于瑞士伯尔尼的明兴布赫塞。父亲汉斯·克利是师范学校的音乐教师；母亲依达·马利亚是一所音乐学校的声乐教师。因而保罗·克利自幼爱好文艺，在中学时代即写过短篇小说，作过诗，并且是业余小提琴手。
　　1898年，他通过了伯尔尼的文科考试后，到慕尼黑，在海因里希·克尼尔的画室学习绘画。在画过几幅人体素描之后，克利坚信自己在绘画上具有发展的前景，决心做一名画家。
　　1900年，他通过了慕尼黑美术学院的入学考试，被编入弗朗茨·冯·施蒂克尔的画室，与瓦西里·康定斯基同学。这期间，他认识了慕尼黑一位医生的女儿莉莉·斯通普特，她是一位钢琴家，他们对音乐的共同爱好促成了后来的婚姻。
　　1901年秋季，克利与雕塑家赫拉一同赴意大利考察文艺复兴艺术。到了米兰、锡耶纳、里伏那；第二年春天又赴罗马，夏季到了那不勒斯、罗马、佛罗伦萨，几乎把意大利环行一周，对古典艺术了解至深。
　　1905年，到巴黎对印象派画家推崇备至。
　　1906年，迁居慕尼黑与莉莉·斯通普特举行了婚礼。
　　1912年，参加青骑士集团。
　　1914年，与马克一同到北非旅行，画了许多水彩画，开始了对色彩的研究。此后服兵役，直到第一次世界大战结束。
　　1919年，开始画油画，色彩厚重，显得有些沉闷。例如《R庄园》，便是这时期的作品。
　　1920年，他应建筑师格罗皮乌斯之聘，到包豪斯教学。
　　1925年，总结其授课心得，著《教学笔记》一书出版，是包浩斯教学经验的宝贵财富。
　　1931年，他离开包豪斯后，到杜塞尔多夫学院执教。
　　1933年纳粹执政后被驱逐出境，回到瑞士的故乡伯尔尼，潜心于绘画艺术的研究。
　　1937年希特勒举行"颓废艺术展"时，有克利的17件作品。
　　1940年，在瑞士洛迦诺的宅邸中逝世。