然而洪武八年(1375)四月，朱元璋在巡视中都修建情况后，突然下令停止修建。此时中都修建达6年之久，已经颇具规模。停建的理由是劳民伤财，其实更深层次的原因是朱元璋与淮西功臣集团矛盾日益加剧。淮西功臣恃功自傲，多有违法乱纪之事，而且在朝廷中结党谋取私利，与朱元璋加强皇权背道而驰。他担心在淮西功臣集团的老家建都，会更加助长他们势力的膨胀。洪武十一年(1378)正月，朱元璋下诏改南京为京师，定都问题才算告一段落。
其实，朱元璋对南京一直不是很满意，迁都的想法从来没有打消过。洪武二十四年(1391)，朱元璋派太子朱标巡视关中，颇有迁都关中的打算。当时，明朝的主要威胁是蒙古草原上的北元残余力量。迁都西北，可以加强北方边防，安定边界。朱标考察了西安和洛阳，比较两地地形，回来后向朱元璋献陕西地图。不料世事无常，太子朱标于第二年病逝，使朱元璋受到沉重的打击，再也没有精力和心情考虑迁都的问题了。
他在当年年底亲自撰写的一篇祭灶文中，表达了万般无奈的心情："朕经营天下数十年，事事按古就绪。维宫城前昂后洼，形势不称。本欲迁都，今朕年老，精力已倦，又天下初定，不欲劳民。且兴废有数，只得听天。惟愿鉴朕此心，福其子孙。"听起来真是异常的凄凉，也能感觉到国都问题一直令朱元璋不能释怀。
朱元璋这样费尽苦心地更张制度，反复斟酌定都问题，无非是因为天下得之不易，希望能世代固守，传之久远。因此，他不会允许任何人对其统治和权力构成威胁，甚至那些被他认为会对其子孙的统治构成威胁的人，他都会毫不手软，必欲除之而后快。
