蓝玉不仅身材高大，满面红光，富于勇气和谋略，有大将的才华。中山王徐达、开平王常遇春死后，蓝玉屡次统帅大军作战，多次立功。太祖待他十分优厚。
蓝玉渐渐地骄傲自满，畜养了很多庄奴，这些人都仗着蓝玉的威势暴虐凶横。蓝玉曾经抢占了东昌的民田，御史查究追问此事，蓝玉大怒，赶走了御史。
蓝玉北征元军回来时，半夜敲击喜峰关关门，关吏没有及时开门接纳，蓝玉纵容士兵打破关门长驱直入。太祖听说这件事很不高兴。
先前，太祖想封蓝玉为梁国公，因他犯错改封凉地，还把他的过错刻在铁券上。蓝玉仍然不知悔改，在侍奉皇上的宴会上出语傲慢。
蓝玉在军中擅自罢免和提拔军官，独断专行，皇帝多次责备他。他西征回朝，太祖让他做太子太傅。蓝玉对位居宋、颍两公之下感到不高兴，说：“难道我不能胜任太师一职吗?”等到他入朝上奏。太祖往往不听他的，他更加不高兴。
洪武二十六年，锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，下狱鞫讯后，狱词称同景川侯曹震、鹤寿侯张翼、舳舻侯朱寿、定远侯王弼、东筦伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋反，拟乘朱元璋藉田时发动叛乱。朱元璋遂族诛蓝玉等，并株连蔓引，自公侯伯以至文武官员，被杀者约两万人。朱元璋还手诏布告天下，并条例爰书为《逆臣录》。列名《逆臣录》者，有一公、十三侯、二伯。
蓝玉一案，族诛一公、十三侯、二伯，牵连被杀一万五千多人，“元功宿将，相继尽矣。”谋逆之罪一般都是碎剐凌迟处死，念及蓝玉与自己是儿女亲家，朱元璋心一软，宽大处理：碎剐改成剥皮。这样，刽子手把蓝大将军全须全尾整张人皮剥下来，算是留了全尸，并把人皮送往他女儿蜀王妃处“留念”。明末农民军攻破蜀王府，在王府祭堂发现了这件“文物”。
蓝玉自恃有功，专恣横暴，所为多不法，举止傲慢，无人臣礼。而蓝玉案和空印案、郭桓案、胡惟庸案合称为“洪武四大案”。“蓝玉案”和“胡惟庸案”都是谋反案，受牵连的大多是跟随朱元璋打天下的功臣，前后十余年，屠戮上万人。
