但此时一个问题出现了，那就是秦始皇历来奉行法家思想，实施严苛的政治管理方式，而扶苏怀有一颗仁义之心，更倾向于儒家的治国理念，这样父子二人就常常在朝堂上产生一些小摩擦，最严重的一次就是著名的“焚书坑儒”事件。
公元前212年，侯生、卢生相互讥讽，批评秦始皇的暴戾，惹得始皇大怒，事件愈演愈烈，最终始皇下令坑杀了4600多名儒生，火烧了全部经史子集。
这一行为当然是素来仁德宽厚的扶苏无法忍受的，扶苏认为父亲为政方式过于残暴，而始皇却觉得扶苏这是缺乏主见、性格软弱的表现。
据《史书》记载，扶苏当面反对始皇，“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安”，始皇的态度是“怒”，“扶苏以数谏故，上使外将兵”。这样，扶苏从中央权力中心外放到当时偏远的北部战区，和大将军蒙恬当同事。
焚书坑儒
被流放也就罢了，扶苏或许想着过段时间就会被“调回京师”呢，谁知道这一等竟然等了两年之久，而且等来的还是一封赐死诏书，在拿到诏书的一刹那，扶苏的心就先死了。尽管蒙恬认为，皇上能够让扶苏在军事重地监管三十万大军，怎么会在这个时候赐死他呢？
诏书应当存疑。但这就正应了“当局者迷旁观者清”的话，扶苏作为秦始皇的长子，从小备受宠爱，但是随着长大后政见不一，父子二人常有摩擦，关系已不复幼时亲厚，
再加上被远派边地，根据扶苏看到诏书后的反应可以推断，两年多的时间里他们两人是没有通过信件、互相交流的。
