在这种情况下，李隆基联合万骑果毅陈玄礼等起义。杀死韦后和安乐公主，迎唐睿宗即位。太平公主对这次斗争态度积极，不仅参与了事先的谋议，而且派儿子薛崇简直接参加了行动。这其中的道理也很简单，即太平公主可以让李氏掌权，也可以让武氏掌权，就是不能允许韦氏占有天下。太平公主在这次斗争中还起了一个重要作用，即在处理小皇帝的问题上，是她出面将小皇帝从“御座”上提下来，让四哥李旦坐上了帝位。
唐睿宗时政治的焦点是睿宗联合太平公主要保皇位，而太子李隆基要争皇位。唐睿宗、太平公主要保皇位，必须抑制太子李隆基的势力。为此，太平公主极想选一个弱小者为太子。这就需要制造种种事端废掉李隆基。这一对姑侄由亲密无间的政冶合作者变成兵刃相见的政治对手。
在几年的时间里，她不断放言李隆基不是长子，不当立为太子，甚至召集宰相要求将太子换掉，在这些行动中，唐睿宗是站在太平公主一边的。到睿宗朝末期，“宰相七人，五出公主门”，“在外只闻有太平公主，不闻有太子”，左、右羽林将军也都投靠了公主。
先天二年(713)，太平公主准备以羽林兵从北面、以南衙兵从南面起兵废掉李隆基。在这种情况下，李隆基先发制人，首先诱杀左、右羽林将军，然后迅速除掉了参与阴谋的宰相。太平公主本人逃入山寺，“三日后出，赐死于第。”
唐睿宗在位的三年中，太平公主参与政治最深。这时的她大规模培植个人势力，试图效仿母亲武则天干预政治。她的企图失败了。失败的原因很多，但起码有这么几点：
